高野山大学図書館の創設は明治三十一年（1898）。
現在の図書館は昭和四年（1929）完成で、創建当時は「東洋一の図書館」と称されました。
設計は、京都帝国大学建築学教室教授の武田五一博士（1872～1938）で、施工は清水組。鉄筋コンクリート３階建（書庫は鉄筋５階建）で、高野山で最初に建造された西洋建築物です。武田五一博士は、日本にアールヌーヴォー建築を紹介した人物で、「関西近代建築の父」と称せられています。武田博士の関わった建築物は数多く残っていますが、大阪市の大江橋や淀屋橋もその一つです。また武田博士は、国会議事堂の設計・施工にも関わっています。
独特な形をした階段と手すり、アーチに施された細やかな彫刻など、当時の技術の粋が集められたこの建物は、日本建築学会から貴重な建築物としての指定を受けています。平成 10年（1998）には、国の登録有形文化財にも登録されました。高野山大学の歴史と伝統を示す代表的な建築物と言えるでしょう。
図書館の蔵書数は30万冊。密教・仏教・国文・歴史など、大学での学問研究と深く結びついた 専門書がそろい、高野山全山の図書館としての性格を持っています。なかでも仏教や密教に関する資料は国内有数の蔵書数を誇り、文献的価値の高い貴重書が数多く所蔵されております。
蔵書の内のおよそ10万冊は、各地の寺院から寄託・寄贈された江戸時代以前の古典籍で、国指定重要文化財の『大日経』、『金剛頂経』、『蘇悉地経』の３点をはじめ、多くの古写本や版本などがあり、密教・仏教の研究者のみならず、国文学・国語学・歴史学を専攻する研究者からも注目を集めています。
| ・明治5年（1872） | 高野山古義大学林の前身となる高野山小教院において、 司籍（司書に相当）を設けて、図書の購入・整理・貸出サービスをする。 |
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| ・明治32年（1899） | 学生より修学旅行の余剰金より、縮刷大蔵経を寄付される。 大学当局は、教師寮の一室を図書室として、閲覧の便に供する。 これが、本学図書館の嚆矢。「高野山古義大学図書館賛成会規則」成る。 |
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| ・明治43年（1910） | 図書庫建築 |
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| ・大正7年（1918） | 図書庫移転。図書館開館式挙行。 |
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| ・昭和2年（1927） | 図書館新築工事起工 |
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| ・昭和4年（1929） | 図書館竣工。開館式を挙行（現在の図書館）。 同年、デルゲ版西蔵大蔵経（仏説部）図書館に到着。 |
| ・昭和8年（1933） | デルゲ版西蔵大蔵経（論説部）図書館に到着。 |
| ・昭和13年（1938） | 全国私立大学図書館協議会第一回大会に参加。 |
| ・昭和21年（1946） | 全国私立大学図書館協議会第七回全国大会を本学で開催。 |
| ・昭和32年（1957） | 仏教図書館協会発足。 |
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| ・昭和43年（1968） | 日本密教学会第一回学術大会本学にて開催。図書館において貴重資料を展観。 |
| ・昭和45年（1970） | 国立大学図書館協会大会本学にて開催。図書館において貴重資料を展観。 |
| ・昭和56年（1981） | 日本建築学会より、図書館が貴重な近代建築として認定される。同年、第二書庫を増築。 |
| ・平成11年（1999） | 文化庁より、図書館が登録有形文化財となる。 |
